Daigo tiết lộ rằng cậu ta có hứng thú với tiến hóa Mega nên lên đường tìm đá. Cậu ta và Fleur-de-lis có mỗi tấm bảng gỗ khác nhau. Một nửa cho biết địa điểm của cổng và một nửa cho biết cách mở nó: viên đá Mega. Cả hai nhà huấn luyện nắm lấy một trụ cột và con đường lên núi xuất hiện. Tại đỉnh núi, họ tìm thấy vài di tích của cự thạch. Steven và Alain tìm thấy hai mảnh và kích hoạt nó, và viên tinh thể xuất hiện.
Cả nhóm cuối cùng cũng tìm thấy cự thạch. Fleur-de-lis bắt đầu đàm phán và chiếc trực thăng bay tới. Một nhóm nhà khoa học bắt đầu nghiên cứu năng lượng của cự thạch, và trong khi đó bầu trời bỗng tối sầm, và Rayquaza xuất hiện. Ánh sáng đột ngột bao phủ lấy nó và nó tiến hóa Mega thành Mega Rayquaza, đánh thức Groudon và Kyogre. Mega Rayquaza nổi cơn hung bạo, phá hủy mọi thứ trên đường. Alain và Daigo tiến hóa Mega Lizardon và Metagross. Mega Lizardon X thất bại trong việc sử dụng Flamethrower đối với Rayquaza, và Metagross cũng tương tự, và Rayquaza phản công bằng Draco Meteor. Sau đó nó bay đi, các di tích bị phá hoại, Alain thì bị thương và cự thạch biến mất. Rayquaza đang không có đây, Fleur-de-lis chỉ thị Alain và Manon đến thành phố Kanazumi điều tra ở đó, với Daigo đi cùng. Ông ta bí mật bảo Alain hãy luôn bên cạnh Daigo, kiến thức của cậu ta rất hữu ích